奥克兰运动家队
1986年时,麦奎尔在奥克兰运动家队展开他的大联盟生涯。麦奎尔在奥克兰运动家队待了十一个球季直到1997年球季时才被交易到圣路易红雀队。在运动家队时,他和队友荷西·坎塞柯(Jose Canseco)组成“霸击兄弟”(The Bash Brothers),他们的攻击火力也帮助运动家队从连续三年(1988年到1990年)打入世界大赛,并在1989年时赢得世界大赛冠军。在麦奎尔早期的职业生涯中,他清垒的全垒打火力也为他赢得“Marco Solo”的称号。
1987年的第一个完整大联盟球季中,麦奎尔击出了49支全垒打,是新人球季全垒打的第二高纪录(直到被亚伦·贾吉打破)并获选为当年美国联盟的新人王。接下来的三个球季中,麦奎尔分别击出32、33及39支全垒打,这也使他连续四年击出30支以上全垒打。在1988年的7月3日及4日,麦奎尔均在延长赛的第16局击出再见全垒打赢得比赛,但麦奎尔最为人所知的全垒打是1988年世界大赛对上洛杉矶道奇队时,第三场九局下的再见全垒打。这一支再见全垒打使奥克兰运动家队在这一个系列赛中赢得唯一一场胜利。但1989年对上世界大赛对上旧金山巨人队的地震大战的系列赛中,麦奎尔和队友荷西·坎塞柯扮演了极重要的角色,最终也帮助运动家队直落四横扫巨人队勇夺世界大赛总冠军,这也是麦奎尔生涯唯一一枚冠军戒。
麦奎尔在新人球季的打击率为.289,而接下来几年的打击率分别为.26、.231及.235。在1991年时,麦奎尔达到最低潮,当年打击率仅有.201并且只敲出22支全垒打。当时的总教练东尼·拉鲁沙(Tony LaRussa)在季赛的最后一场让他留在板凳上以避免他的打击率落到两成之下。虽然打击率持续衰退,但麦奎尔的被保送次数还是让他维持可以接受的上垒率。事实上,麦奎尔的修正OPS值(adjusted OPS,OPS+)仍旧高过联盟平均值。
麦奎尔在1991年的运动画刊专访中表示,1991年一整年球场上的表现,婚姻中所遇到的问题,加上整个球季没有重量训练,使得该年度是他生涯最糟的一年。之后的球季,麦奎尔重新投入球队训练中,并开始蓄须蓄发改变造型使自己在球场上看起来更具威胁性。在1992年时,麦奎尔击出了42支全垒打并将打击率提升到.268,且修正OPS值高达175,并在球季中的明星赛的全垒打大赛中出场表演。他的复活也帮助运动家队赢得1992年的美国联盟西区冠军,并在世界大赛中对上多伦多蓝鸟队。
在1993年及1994年球季中,麦奎尔因为脚伤,在两个球季中仅仅出赛74场比赛。1995年时也仅有104场,但他的全垒打数与打席的比例已有相当程度的提升(317打席中有39支全垒打)。1996年时,麦奎尔在423个打席中敲出领先全联盟的52支全垒打,打击率也达到.312的职业生涯最高点,同时也在长打率及上垒率领先联盟其他打者。
麦奎尔也在一垒守备下了相当的功夫,以免被认为仅是个擅打不擅守的球员。在早期的球员生涯中,麦奎尔被认为是一名好的野手,并在1990年拿下金手套奖。但在后期的球员生涯中,由于速度较慢而渐渐失去球场上的机动性,使得守备率渐渐降低。
麦奎尔在奥克兰运动家队的生涯中共击出363支全垒打,为运动家队的队史纪录,他并9度获选美国联盟明星队,其中1987年至1992年连续六年入选。